杨行密待他们离开扬州，秘密派将领张训、李德诚进入城内灭掉余火，抢救出数十万斛还没烧毁的粮食赈济饥民。
七月十八日，孙儒自苏州出发，在距宣州一百四十余里的广德（安徽广德县）扎下营盘。杨行密率军迎战，被孙儒包围，幸得将领李简率百余精锐拼死力战，攻破孙儒阵营，这才逃出生天。
十二月，疯狂的孙儒又将富庶的苏、常二州付之一炬，进逼宣州（安徽省宣城市宣州区），旌旗招展绵亘百余里。
杨行密屡败之下不得不向镇海军（治所位浙江杭州）节度使钱镠求援。
钱镠也是乱世英豪，后来当上了吴越国的开国君主，与杨行密惺惺相惜。他自然不愿让孙儒这个杀人狂占据江淮，趁孙儒放弃苏州出兵进占，支援杨行密拒敌。
景福元年（892年）正月，杨行密在孙儒大军逼迫下，想要弃守宣州，退守铜官（安徽铜陵市西）。
将领刘威、李神福劝道：“孙儒远道而来毫无基础，必想速战速决。我当凭借险要坚壁清野，待其师老兵疲，用骑兵断其后路，让他求战不得，求退不能，必可将他斩于淮南。”
戴友规也进言：“孙儒与我们相持数年，胜负参半。现今集中全部主力与我决死一战，我如望风而退，就中了他的计策。淮南士民随您来到宣州，以及从孙儒军中投降而来的人有很多，您应先派军队将他们送回故土，让他们各复其业。如此以来，孙儒军中的淮南人士必有思乡之情。人心既散，他又怎能不败。”
杨行密听了他们的意见非常高兴，立即让他们分头落实。
正月十二日，孙儒率军包围宣州。为彻底弄死杨行密，孙儒让驻守常州的铁哥们刘建锋一同攻城，刘建锋临行前留下将领陈可言率千余人驻守常州。
杨行密将领张训自扬州突袭常州，陈可言仓促应战，被张训亲手杀死，占据常州。杨行密又派将领夺占润州，孙儒在淮南所占地盘尽失，只剩下宣州城外一座大营。
四月，形势开始逆转。杨行密屡胜孙儒，攻破了他的广德大营（安徽宣城市广德县）。
张训又屯驻安吉（浙江省湖州市），切断了孙儒粮道。孙儒所部既无粮可食，又遇到瘟疫爆发，伤亡惨重。
六月初六，杨行密率众向孙儒发起总攻。战斗发起时天降大雨，彪悍凶残的孙儒部众早已无心恋战，各自溃亡。
安仁义率骑兵踏破孙儒营寨五十余座，田頵在阵中生擒骑马逃遁的孙儒，将他就地斩首。
孙儒部众大多归降杨行密，其他七千余人则跟着刘建锋、马殷向南逃往洪州（江西南昌）。
马殷后来统一了湖南全境，做了南楚王。
六月二十五日，杨行密率众自宣州出发，重返扬州。
扬州富庶甲天下，当时人称扬州第一、益州（四川成都）第二。这次惨遭秦彦、毕师铎、孙儒、杨行密兵火荼毒，江淮之地，东西千里毫无所留。
八月，朝廷任命杨行密为淮南节度使，杨行密自此成为淮南一带的合法统治者。
从孙儒那里投降过来的士卒，大多是蔡州人（河南驻马店汝阳县），勇悍善战。杨行密从中选拔了五千名体格尤为健壮的士卒另组一军，给他们丰厚的待遇和赏赐，让他们用黑衣蒙甲，号称“黑云都”。
每次作战，都把他们当成锋锐的尖刀，派在最前面冲锋陷阵，淮南四境之敌极为畏惧。
杨行密因经费紧张，想用茶、盐换取民众布帛。掌书记高勖提议：“现在战争刚刚结束，坊间十室九空，如果再去抢夺民众财物，那是逼他们造反！不如拿我们有的，去邻近藩镇交换我们没有的，完全可以保障军队所需。同时，选拔贤良爱民的官员鼓励民众耕植，这样不出数年仓库就能丰实起来。”
杨行密听从了他的意见，田?闻讯赞叹：“这才是利在长远的事情！”
杨行密的骑射、武技都不算高明，但他为人宽和质朴，有大智慧，善于统驭将士，肯与他们同甘共苦。能够推心置腹的待人接物，从不猜忌他人。
一天早上，随从将他坐骑上的镶金马络头拿去卖了。他知道后并未过问，第二天马络头原封不动的归还回来，人们都佩服他的度量。
淮南罹患战火六年，士民们或避难他乡，或死于非命。杨行密刚任职时，赏赐给有功将吏的物资，不过数百文、几尺布。
他本人勤俭节约，招抚流民，轻徭薄役，不及数年，淮南便恢复了往日的繁华富庶，成为乱世中的“桃源”。
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